Trots landets höga befolkningstäthet och höga efterfrågan på mark täcker skogen i Japan 2/3 av landets yta. Detta beror på att dessa skogar växer i bergstrakter av sådan topografi att risodling och bebyggelse i någon större omfattning inte kan bli aktuell, bergen är helt enkelt för branta.

Skogen är också en värdefull råvara för byggnationer, särskilt av den traditionella japanska stilen med mycket trä, och har följaktligen brukats ganska omfattande genom hela landets historia. Idag bedrivs skogsbruk på 90 procent av skogsarealen. Den återstående tiondelen är troligtvis av avgörande betydelse för att binda upp vattenflöden vid de ihärdiga regnen och därmed undvika översvämningar i de lägre delarna av landet. Det är förstås inte så ädla skäl som omtanke för andra områden som hindrat en vidare exploatering, utan främst den bristande lönsamheten i att bedriva skogsbruk i dessa otillgängliga trakter. För att möta konsumtionen importerar Japan istället mycket timmer, främst från Sydostasien och då särskilt från Indonesien och Malaysia.

Det finns återplanteringsprogram för skogen och den återplanteras främst med barrträd. Det viktigaste virkesträdet är som nämnts Sugi, Cryptomeria japonica, som behöver god vattentillgång för att växa snabbt. Det är dock främst statliga skogar som återplanteras vilket gör att en stor andel av skogen är självsådd, ganska blandad, lövskog. De privatägda markerna är uppdelade mellan ett stort antal små skogsägare, vilket också bidrar till att skogsbruket blir mindre effektivt. Utmärkande för de japanska skogarna i jämförelse med de svenska är den stora variationen med många olika trädarter.

De japanska skogsområdena omfattar subtropisk skog, tempererad skog och barrskog, där den senare finns i de högst belägna och nordligaste trakterna medan de subtropiska finns i lågläntare delar i söder.

I de täta lövskogarna är marken alltid skuggad så snart löven slagit ut på träden, markvegetationen består därför mest av tidiga vårblommor som sippor och skuggtåligare växter som vissa ormbunkar och pioner. Till dessa skuggväxande växter hör också ett helt släkte kallaväxter, Arisaema. Dessa anses mycket vackra och har på grund av sin skönhet skövlats i stor omfattning och de är idag akut hotade. I de subtropiska skogarna, som är ständigt gröna finns även klätterväxter, till exempel lianer som kan växa sig lika höga som träden och breda ut sig i krontaket.

För de flesta japaner är dock allemansrätten något man har ganska litet av. Den svenska allemansrätten är långt borta; privata skogar, som utgör huvuddelen av skogsarealen är totalt förbjudet område. Även skogsområden som inte är avlysta av den anledningen är okända för gemene man, då de omsusas av mycken mystik och sägner om att man kan bli kamikakushi (kvarhållen av andliga väsen) i skogarnas mörker. Som en följd av detta, saknar japanska skogar därför till största delen stigar. En annan sak är att den ofta höga och frodiga växtligheten också gör skogarna betydligt mer tätbevuxna och mörka än sina svenska motsvarigheter. Detta gäller också skogarna i de norra och mellersta delarna av landet, den förhållandevis "nordiska" artsammansättningen till trots. Friluftslivet företes i första hand i anslutning till vattendrag och på senare år har det blivit allt populärare att vandra sig upp i bergen, både till fots på sommaren och på skidor på vintern.

Trädgårdar har växter med iögonenfallande blommor inte en lika framträdande roll, det handlar mer om form och trädväxter. Detta ställs på sin spets i bonsai, där man odlar små långsamväxande träd av vanliga skogssorter som tall och en i krukor och vårdas pretentiöst under lång tid för att växa på ett vackert sätt. Och så finns förstås körsbärsträd, själva sinnebilden för det blomstrande Japan, som numer främst finns odlade i varianter som är framtagna med tanke på sina fina blommor snarare än frukterna. Det är en stor folkfest att betrakta den korta körsbärsblomningen, människor vallfärdar i mängder till de vackraste planteringarna under blomningen det är allmän folkfest och ses som vårens ankomst. Det finns dock kvar en del körsbärsträd i skogarna och även de vilda körsbärsträden skall vara en stor fägring för ögat.